先天性瘘：由骶尾部囊肿化脓破裂形成原发外口常在臀沟中点尾骨尖附近瘘内可见毛发由胚胎发生。
　　骶尾部瘘：常由臀部损伤如打击脚踢和擦伤引起在骶尾部形成脓肿从而形成瘘管。
肛门周围化脓性汗腺炎：这是易被误诊为肛瘘的肛门周围皮肤病，因其主要特征是肛周有脓肿形成和遗留窦道窦道处常有隆起和脓液有多个外口，故易误诊为多发性肛瘘或复杂性肛瘘，鉴别要点是肛周化脓性汗腺炎的病变，在皮肤及皮下组织病变范围广泛可有无数窦道开口呈结节状或弥漫性但窦道均浅不与直肠相通切开窦道后无脓液和瘘管亦无内口。
　　骶尾部畸胎瘤：破溃后可形成尾骨前瘘或直肠内瘘大型畸胎瘤可突出骶尾部容易诊断：小型无症状的肿瘤可在直肠后方扪及平滑有分叶的肿，X线片可见骶骨和直肠之间有肿块内有不定形的散在钙化阴影可见骨质或牙。
        骨盆骨髓炎：骨盆化脓性或结核性病变引起的骨盆骨髓炎常在会阴部发生窦道与肛瘘的外口极为相似，但前者无内口X线片显示骨盆有病变
　　骶骨前瘘：由骶骨与直肠之间的脓肿在尾骨附近穿破形成瘘管位于骶骨凹内外口常位于尾骨尖两侧探针可探入8～10cm瘘管与直肠平行。
　　骶尾部骨结核：发病缓慢无红肿热痛等急性炎症变化破溃后流出稀薄脓液，外口较大边缘不整齐且经久不愈，X线片显示骶尾骨有骨质损害和结核病灶。
        会阴部尿道瘘：这种瘘管是尿道球部与皮肤相通常在泌尿生殖三角区内排尿时尿由瘘口内流出。