肛管直肠周围脓肿一般不能自行，如任其发展，终脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口，如此发作，经久不愈。
　　所以，一旦出现肛管直肠周围脓肿应及时治疗，少数肛周表浅的脓肿可采用抗生素治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数患者需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。
　　伴有肛瘘的肛管直肠周围脓肿，要必须先处理肛瘘，局部可用高锰酸钾溶液坐浴，使会阴保持清洁。
　　同时应用抗生素控制感染，待脓肿破溃或切开引流后3个月左右，肛瘘周围炎症即会消退，纤维管道形成，再手术治疗肛瘘。