肛周脓肿自行破溃或经切开引流换处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，感染，发作，经久不能自愈，而成为瘘管。
　　肛瘘病因的具体表现： 　　
       1、肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响 　
　    2、瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，感染，造成瘘道不易。 　　
        3、直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。 　　
        4、肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。 　
　    5、瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以。 　　
        6、肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，感染，形成瘘道。 　　
        7、结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。 　
　    大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。行走在内外括约肌附近，外口皮肤生长较快，常有假性愈性，引起发作。管道的感染多数为脓性感染，少数为结核性。