肛瘘的病因主要是细菌感染。细菌以大肠杆菌、结核杆菌、变形杆菌为主。细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体。脓肿破溃或切开后形成肛瘘，如不及时治疗，发炎，化脓，或形成很多管道，使病变复杂，形成复杂性肛瘘。

　　现代医学认为，肛瘘的病因主要是细菌感染。细菌以大肠杆菌、结核杆菌、变形杆菌为主。细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体。肛门腺感染、化脓，形成肛周脓肿，自然破溃。或经手术切开排脓后，脓肿壁由结缔组织和肉芽组织增生、缩窄成管状，外口缩小，内口继续感染，不能自愈，即成肛瘘。脓肿破溃或切开引流后，常不能。
　　肛瘘的病因常见的有以下几点原因：
　　1、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。
　　2、肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
　　3、管道多在不同高度穿插过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。除此之外，结核、克隆氏病、溃疡性结肠炎、肛管或者肠癌和腹股沟淋巴肉芽肿等，也是形成肛瘘的病因。
　　4、内口的存在：脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源，肛窦炎或肛腺感染仍可继续存在，肠腔内容物也可从内口继续进入瘘管。
　　5、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发，并穿破而形成新的支管或窦道。