肛瘘有原发性内口、瘘管、支管和继发性外口。内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。瘘管有直有弯，少数有分支。外口即脓肿溃**或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤外，由于原发病灶不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内、外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。
一般单纯性肛瘘只有一个内口和一个外口，这类多见。若外口暂时封闭，局部引流不畅，则又逐渐发生红肿，再将形成脓肿，封闭的外口可再穿破或在其他处形成另一外口。如此发作，便病变范围扩大或有时造成几个外口，与内口相通，这种肛瘘称为复杂性肛瘘，即有一个内口与多个外口。但有人认为，复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要管道累及肛管直肠环或环以上者。虽然这种肛瘘只有一个外口及一个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘。相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂。
自我检查：外口呈乳头状突起或肉芽组织的隆起，压之有少量脓液流出，低位肛瘘常只有一个外口，若瘘管位置较浅，可在皮下摸到一硬索条，自外口通向肛管。高位肛瘘位置常较深，不易摸到瘘管，但外口常有多个。由于分泌物的刺激，肛周皮肤常增厚及发红。

武汉博仕中医肛肠医院提醒您，如果自我检查发现自己可能肛瘘，首先要去医院及时确诊。