肛瘘的危害只有肛瘘患者才有自己切身的体会与痛苦。通常情况下，一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦，并有一定的危害性。

        第一个阶段：肛隐窝、肛门瓣感染发炎。开始仅限于局部的炎症，这时若未能及时治疗，炎症即可以向肛门周围蔓延。

        第二个阶段：炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。如果炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。

        第三个阶段：由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，便成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，正不胜邪，而形成肛门直肠周围脓肿。若肛门直肠脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散，不遗留后遗症；如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重复杂化，因此应尽早手术切开引流，使脓液排泄，控制炎症发展。

        第四个阶段：肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流换处理后，脓腔虽逐渐缩小，但溃疮却久不收口，这时腔壁已形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之空隙，这就是瘘道，脓液经常顺从瘘道流出，感染，发作，经久不能自愈，而成为瘘管。

        肛瘘大的危害第一是脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。第二由于多次发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难。第三也影响到肛门的正常生理功能。第四肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且肛瘘有恶变倾向。