正常人体构造都有七或八个肛门腺体，这些肛门腺体在人体并无作用，肛门腺体的开口就位于肛门口约一点五公分处所谓齿状线的位置，这些肛门腺体的感染早期会形成脓疡，有些会自动破裂，或经由医师切开引流而改善。等发炎改善后，有些会形成硬痂，有些会出现类似血水分泌物之外在开口，此时便形成所谓的“肛门瘘管”。
   　 肛瘘需要和其他的肛周疾病作鉴别：
   　 1.肛瘘：肛周可扪及一个或几个硬结，并有条索状物由硬结处通向肛门内，经常有分泌物流出污染内裤。如果身体抵抗力降低，可以发炎肿胀，形成肛周脓肿。治疗：手术治疗，保守治疗无效。
　　2.尖锐湿疣此病是性病的一种，可以散在亦可连成片，呈菜花状，有少量分泌物，味儿臭。治疗：激光灼除。
　　3.肛门湿疹是一种皮肤病，常常伴有瘙痒。但有时肛门湿疹是肛门潮湿的继发病。
　　4.内痔如果内痔核较大加上肛门松弛，大便时全部脱出，平时经常半脱出在肛门外，粘膜分泌的液体流出，也造成肛门周围潮湿。