根据临床表现结合病理检查基本可确诊，但应与增殖型肛门结核生殖器癌生殖器鲍文样丘疹病相鉴别。
　　由于疣的种类不同临床表现各异：
　　扁平疣呈米粒及芝麻大扁平隆起的损害表面光滑色浅褐或正常皮色；
　　传染性软疣初起为米粒大，半球形丘疹中心有小白点逐渐增至如绿豆大，境界明显质硬中心凹陷似脐窝呈灰白，乳白微红或正常皮色表面光滑损害，数目不定，少数散在或数个簇集不想融合可挤出白色乳酪样物。
　　寻常疣初起为米粒大小，微黄色角化性丘疹中央可见针头小红点逐渐增至绿豆大小，圆形或多角形乳头状隆起境界明显质硬表面粗糙，呈刺状灰白污染或污褐色，初发常为个长期不变或不断增多，邻近者互相融合有时可自身接种。
        传染性软疣病的组织病理学特征是：表皮明显增生表皮突向下延伸并被结缔组织包裹形成梨状囊体，在棘层细胞胞浆内有称为软疣小体的病毒包涵体。
　　尖锐湿疣实验室检查
　　.醋白试验：用%醋酸液涂抹皮损处—分钟后变白色（分实用而简便的办法）
　　.碘黄试验：用鲁戈氏液涂后分钟发黄者可以确诊为尖锐湿疣
　　.皮损活检：发现有HPV感染的特征性凹空细胞的组织病理变化特点（较的办法）
　　.必要时在皮损活检中用抗原或核酸检测显示有HPV感染。常见的是HPPV6、11型。目前多应用敏感及特异性很高的聚合酶链式反应，阳性率可达80％左右，当真性和假性尖锐湿疣鉴别困难时，可用HPV－DNA原位分子杂交进行鉴别，此法是目前种敏感性和特异性很高的鉴别手段阳性率可高达90％以上。